Řídicí orgán OP VVV provádí kontrolu veřejných zakázek zejména v rámci tzv. administrativního ověření. Tato kontrola se provádí na vzorku veřejných zakázek jako předběžná kontrola před zahájením zadávacího řízení (ex-ante kontrola) a jako průběžná kontrola postupu zadavatele v zadávacím řízení (interim kontrola) a dále na vzorku veřejných zakázek v případě ex-post kontrol, tj. kontrol dokumentace k veřejným zakázkám po uzavření smlouvy před schválením výdajů v žádosti o platbu.
Bližší pravidla pro kontroly veřejných zakázek, včetně rozsahu dokumentace, kterou je příjemce podpory povinen uchovávat, vymezení okruhu veřejných zakázek, kterých se týká ex-ante a interim kontrola veřejných zakázek a procesního postupu při této kontrole jsou zakotveny v oddílu 12.4 Pravidel pro žadatele a příjemce – obecná část, některá ustanovení mohou být dále rozvedena také v kap. 12 Pravidlech pro žadatele a příjemce – specifická část (2015, 2016).
Pro vyloučení pochybností Řídicí orgán OP VVV upozorňuje, že ex-ante a interim kontroly veřejných zakázek se provádějí pouze u veřejných zakázek zadávaných po vydání právního aktu o převodu/poskytnutí podpory. Související povinnosti se tak týkají pouze příjemců podpory, nikoliv žadatelů o podporu.
Při provádění kontrol veřejných zakázek probíhá komunikace mezi Řídicím orgánem OP VVV a příjemcem podpory takřka výhradně prostřednictvím interních depeší v IS KP 14+. V případě ex-ante a interim kontroly veřejných zakázek používá příjemce podpory v souladu s body 12.4.2 odst. 3 a 12.4.3 odst. 3 Pravidel pro žadatele a příjemce – obecná část aktuální vzor strukturované depeše.