Příprava Operačního programu Výzkum, vývoj a vzdělávání (OP VVV) probíhá v souladu s čl. 5 nařízení evropského Parlamentu a Rady (EU) č. 1303/2013 (obecné nařízení) a do jeho příprav jsou zapojeny relevantní subjekty.
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy (MŠMT) v této souvislosti ustanovilo jako vrcholný orgán v rámci přípravy OP VVV Řídicí výbor, který řeší odbornou problematiku všech tematických okruhů budoucího OP VVV a principy implementace na externí úrovni. Jednání předsedá v souladu se statutem ministr školství, mládeže a tělovýchovy. Členy Řídicího výboru, mimo zástupců MŠMT, jsou zástupci partnerských resortů, regionů, sociálních partnerů, zástupci nestátních neziskových organizací, komor a dalších organizací. Činnost Řídicího výboru se řídí statutem a jednacím řádem.
Před jednáním Řídicího výboru je svoláván Projektový tým, na němž se projednávají výstupy jednotlivých pracovních skupin, koordinace činností a definování harmonogramu dalších prací. Jednání předsedá náměstek ministra skupiny řízení operačních programů. Členy Projektového týmu jsou náměstci věcně příslušných skupin MŠMT a další klíčoví pracovníci ministerstva. Činnost Projektového týmu se řídí statutem a jednacím řádem.
Řešení věcného zaměření jednotlivých tematických cílů a principů implementace je realizováno ve dvou úrovních – interní a externí. Tematické cíle jsou řešeny v rámci Pracovní skupiny Vzdělávání a Pracovní skupiny Výzkum, vývoj a vysoké školy, jejichž struktura koresponduje s investičními prioritami návrhu obecného nařízení EK a prioritními osami OP VVV. Činnost pracovních skupin se řídí statutem a jednacím řádem. Jednání Pracovní skupiny Vzdělávání předsedá náměstek ministra skupiny pro vzdělávání MŠMT. Pracovní skupině Výzkum, vývoj a vysoké školy předsedá náměstek ministra pro vysoké školství a výzkum MŠMT. Členy jednotlivých pracovních skupin, kromě zástupců MŠMT, jsou přizvaní experti na danou problematiku, zástupci partnerských rezortů, nestátních neziskových organizací, komor a dalších organizací. Činnost Pracovních skupin se řídí statutem a jednacím řádem.
Principy implementace OP VVV, budoucí implementační struktura či problematika finančních toků jsou řešeny samostatně v rámci Pracovní skupiny pro implementaci. Pracovní skupině předsedá námětek ministra skupiny řízení operačních programů MŠMT. Členy pracovní skupiny jsou zástupci MŠMT, nestátních neziskových organizací, komor, sdružení a dalších organizací. Činnost Pracovní skupiny se řídí statutem a jednacím řádem.