Po ukončení financování projektu je příjemce povinen provést finanční vypořádání vztahu se státním rozpočtem v souladu s vyhláškou č. 367/2015 Sb., o zásadách a lhůtách finančního vypořádání vztahů se státním rozpočtem, státními finančními aktivy a Národním fondem (vyhláška o finančním vypořádání), ve znění vyhlášky č. 435/2017 Sb.
Pokyny jsou zveřejněny ve výzvách Šablony v části Dokumenty – ve výzvě 063 ZDE, ve výzvě 064 ZDE ve výzvě č. 065 ZDE, ve výzvě č. 066 ZDE, ve výzvě 080 ZDE a ve výzvě 081 ZDE.