Po ukončení financování projektu je příjemce povinen provést finanční vypořádání vztahu se státním rozpočtem v souladu s vyhláškou č. 367/2015 Sb., o zásadách a lhůtách finančního vypořádání vztahů se státním rozpočtem, státními finančními aktivy a Národním fondem (vyhláška o finančním vypořádání), ve znění vyhlášky č. 435/2017 Sb.
Pokyny jsou zveřejněny ve výzvách I. vlny šablon v části Dokumenty – ve výzvě č. 022 ZDE, ve výzvě č 023 ZDE, ve výzvě č. 035 ZDE a ve výzvě č. 042 ZDE.